可是染污末那则不然，染污末那决定任何事情时，一定跟清净末那不一样。染污末那做事的时候，如果以我来讲，我现在暂时带领同修会共修，如果我是染污末那的话，一定会规定：每一个人最少要赞助一百万以上，才会录取你去参加禅三，否则就不让你去，这就是染污末那的心行。可是我们也有人从来都不曾赞助过一毛钱，也能去参加禅三而明心。这意思是说，我们不用染污末那来做事；如果要用染污末那来作事的话，我一定会规定：参加禅三的资格是捐一百万，禅三时想要明心的话是五百万，想要眼见佛性的话得要再捐一千万。那可真是赚死了，我只要抽五成就可以了，那可真的是赚死了！
如果捐出六百万而可以买到明心，绝对划得来。当年如果我正在参禅的时候，如果有人敢开出来六百万一定可以明心，而且保证一定是真正的明心，不是意识境界的“明心”，我一定会去跟他买。因为参到走投无路的时候，根本就没办法了，而这个明心太迷人了，所以一定会跟他买。还好当年没有人敢这样保证，不然的话，我以后还会再跟他要回那六百万，因为他们的明心都是错误的，都还只是意识心离念灵知的境界，和常见外道一样的境界。如果真的这样作，那就是染污末那；凡事都以自己的世间法利益作中心而去设想，这就是染污末那。
如果是清净末那，为众生、为佛教做事时，照样是努力去做，一定会为了自己在佛法修证上的利益以及众生修学佛法的利益而努力去做。就像我现在这样，在同修会里面不曾有一丝一毫可以赚钱的念头，没取过一分一毫的钱财，而且还捐款支助同修会的弘法事务。我在自己出钱开设的正智出版社中，辛辛苦苦、夜以继日不断的写，不断的做，既不支薪，也不要著作权费与版税；所赚的钱缴了税以后，全部捐给同修会。我也不用真名真姓去求名，也不想跟人家攀缘结交；诸方想要见我、供养我，我都不见！我什么都不想要。这么辛苦而没有任何世俗法上的利益，为了整体佛教，为了同修会的未来，还是得要努力去做。我们所看到的不是只有同修会的未来，还从整体佛教的现在与未来着眼。
如果是只为正觉同修会设想，而不是为整体佛教设想的话：不管是谁，都得要在同修会里面任教，将来我就全省设道场，法师如果出去开疆辟土，就把他们一概封杀。如果这样子想，就是染污末那的心行。我们好几年前就讲过，就自我设限：我们同修会不跨过浊水溪。换句话说，浊水溪以南都是要留给法师们去发挥的空问。了解了吗？所以趁这个机会说明一下也好，台南共修处，我们请法莲法师去开班，但是他的财务是独立的；虽然照我们同修会的规矩，学员仍然可以来本会共修，但在组织上并不隶属于同修会，所以他们的学员证悟了以后，也可以来正觉进修悟后增上的课程；我们的禅三精进共修，也保留名额给他们；但实际上是由法莲师去独立运作的。
目前正觉同修会小有名声，我们就支持他们去利乐有情，我们不必说那边也是我们同修会所有的，就限制法师们：“你们法师不可以去那边弘法、接受供养。”我们不这样作，我们是从整体佛教来看待；因为不能够只有居士在弘扬了义究竟的正法，也需要一些法师来弘扬究竟、了义的正法。所以要保留一些空间给他们去发展，所以我们是从整体佛教的立场来看，这样子作，就是清净末那的心行。（编案：后来因为法莲法师被杨荣灿先生误导与唆使的缘故，在授课时公开对学员否定阿赖耶识如来藏正法，随即又出书公然否定阿赖耶识，谓非如来藏；萧老师因此认为南部佛子证悟之缘未熟，决定放弃南部学人，不再另行新设台南道场。但因台南班学人都不知台南道场是由本会支持成立，而其本质属于法莲师所有，故提出责任说，要求同修会另设台南讲堂继续共修；即使后来知道内情，仍认为同修会既将名号借与法莲师使用，即有义务圆满台南学员道业，强烈要求正觉同修会不得关闭台南讲堂；并表示不愿跟随否定如来藏正法的法莲法师，弦烈要求同修会新设讲堂，文须负责继续维持台南学人的共修事宜。因此绿故，同修会不得不跨过浊水溪，于台南市另行设立新讲堂，摄受多数台南学员，保持他们修学了义究竟正法的权益）。
并且，我们写书出来，不惜得罪大师们；对于没有名气的法师与居士，我们都不扰动他们，专挑那些名气最大而且曾经诬谤我们正法的大师们。为什么要这样作呢？因为他们是势力最大的，而且诬谤正法时的影响力也是最大的。一般人吃柿子时总要挑软的吃，我们偏拣最硬最大的来吃，这真是不合常情；但其实不然，这就是为佛教的整个前途与未来设想，不是从同修会的利害来设想的；所以明知这样子硬碰硬，同修会一定得不到好处，还会招来大师们的联合抵制，大大不利于同修会，但我们仍然必须这样做；因为，这样作虽然不利于同修会，但是却对整体佛教的未来最有利，所以这样作，就是清净末那的心行。
我的个性一向是：平常软得像麻糬一样，不计较个人的得失利害，也绝不在意恭敬与利养；可是为了整体佛教的未来，该站出来做事的时候，我比谁都强硬；谁要想跟我威逼利诱，门儿都没有！只要是破法的人，我一定会指正他；不论对方是哪位大法师，不论他的势力多大，我都不顾虑。为了佛教的长远利益所该做的事，我就去做，不考虑利害与得失。我的个性就是这样子，这种个性也是很难改的；因为很多年、很多世以来就是这样，一直是这种个性。但这是好个性，是好习性，不但不应改，而且还要继续维护及增长它，才能迅速成佛，才能广利众生。这意思是说：你必须要用清净末那去作事、去修行。所以如果有人骂你说：“你的末那作用很重。”那要看他讲的是清净末那？还是染污末那？如果他说你的清净末那很重，那是好事，那个清净末那的习气永远都不要改变它，你就说：“谢谢你！”就跟他打躬作揖。如果他讲的是你的染污末那，你就得检讨看看：“是不是我有和心？我执、我所执很重？”你要去返观。
但是为了利益众生，清净末那一定要拿出来运作；如果不是这个清净末那的坚持，菩萨不可能夜以继日的辛苦为众生做事而不求丝毫回报。当声闻僧是很简单的，早上十点出门托钵，十一点钟回到道场；用过斋、洗洗脚，上座说一点法，就去树下、山洞里又打坐去了；这一进入灭尽定，要到了明天早上才会出定，那真是过得很写意，也不必洗菜、切菜、炒菜，什么都不用做，真的很写意。但菩萨不是这样当的，菩萨除了自己修行，还要为众生说法；为利乐众生、修集福德，还得要做很多的事，常常忙到半夜。所以声闻人只要把自己照顾好，利乐众生则是随缘的；菩萨不然，菩萨是要为众生的出世间和世间利益而一直做下去，永无止尽，不是为自己；所以菩萨做事的时候，往往策划下去就要执行到底，不能中途停止。就像我们正觉同修会，绝对不搞大工程、大道场，只要可以满足我们共修使用的道场就够了；我们所要做的是健全整体佛教百年乃至三百年、五百年、一千年的基业，让这个制度健全的运作下去，让正法的弘传可以藉健全制度的运作不断而永续的弘传下去；现在计算机建制完成了，接着就是大家分工合作去做。
譬如说：行政组管行政组的档案，他进不了财务组，他也不必担心财务组怎么样，也不必想要知道财务组的内容；财务组也不能进入福田组的档案，只能管财务组自己的部分；福田组只能管自己组里的事情，也不能管行政组的部分。我呢？我哪一组都进不去，我统统不知道，我只管弘法、写书，这就是分工合作。不要说这个同修会一定得由谁来掌控，不要这样想；这样想的人就是染污末那识作主，这就是烦恼。现在大家分工合作去做，我做我份内的事情，我把它做好，这就是护持正法，不要管别组档案中有些什么东西。我们也设计得很好，你要管也管不到，你没有各组不同的密码就进不去。换人接办时，你拿到密码，就得要自己再换一个新的密码，才可以继续使用；这个新密码只有你一个人知道，我也不晓得，档案总管也不晓得各组的密码是什么；各组自己去换新的密码，谁也不知道。这样大家分工合作，也不必去管会里面有些什么；凡是已经有人负责的事，我们就不必管它。
应该有好的观念：不必凡事都要靠我，我不在的话，会务照样可以运作下去。所以死了一个总统也没有问题，还有副总统；副总统再死了，还有人能够继续顶上来。天塌下来了，自然有人顶。所以大家都用这个观念，尽其在我而不必邀功，大家分工合作去做事情，不要有烦恼出现；大家这样努力的话，十年、二十年后，整个佛教的百年大业，会因为同修会的制度继续运作，使得了义正法就依附在这个制度上面，一直不断的弘传延续下去；一代一代递传下去的结果，会使得未来世的佛教，不论法师或是居士，都可以因为同修会的存在而继续得到了义正法传承的果实。这样子，未来的众生就大有福气了，这样想、这样作的心，就是清净意识；决定要这样贯彻到底的心，就是清净末那。所以这个制度，我一定会把它贯彻到底；我不想知道本会计算机里有哪些详细内容，也不想进入计算机中了解。我们有两位同修设计软件程序，从设计到计算机组装完成，都是自己来，这工程不小，他们已经作了将近五个月，费掉很多的心血。但我从来不跟他们说：“你要专门设计一个让我萧平实方便进入的程序，让我可以随时进入每一组的档案中。”我不这样做，而是要确实分层负责去做。不然的话，就不需要这些分层负责的干部了。
这就是说，你要用清净末那去做事，但你不可以责备我说：“你为何一定要贯彻到底？这样不正是末那识的执着吗？”这不是末那的执着，而是为了了义究竟正法的未来，为了佛教整体的未来，必须要这样子去做；这是贯彻无私的制度，不是依于私心烦恼而做的，完全是为了利乐有情而做的。所以菩萨看见有人要杀害很多人的时候，宁可起瞋去把那个坏人杀掉而自己下地狱，你却不能责备这个菩萨说：“你的末那识执着很重，那么执着善心、善业！”他完全是为了利乐众生而去杀害那个坏人。这就是说，所作所为是不是与私心、烦恼相应？要去检讨它。如果不是依于自己的利害关系，不是从自己的我见、我执所生的烦恼去做，那就是清净末那的作意，这个好习性是不应该改掉的，而且还要努力的保持它。
为自己打算而坚持要做某些事，那就是有为有作了。如果是为了利乐众生，为了整体佛教的未来，为了义究竟正法的延续而努力推动正觉同修会的会务，使它制度能够很健全的、不会被少数有私心的人所利用，能永续的集体传承下去；这样的坚持绝对不是有为有作，绝对是应该世世保持发扬的好习气；因为这是无漏法，是为了利乐众生的善心而生起的，不是从我所烦恼中生起的，就不能责备我：“你萧平实坚持不让有和心的人作事，这个坚持就是执着，就是有为有作。”绝对不可以这么说。这就是说，证悟了之后，要修断诸见。诸见中最主要的就是恶见，恶见又叫作我见、边见、邪见、见取见、戒禁取见，有这五邪见合起来就叫作恶见，而恶见中的深细部分，也就是思惑，是修所断的烦恼。
从这个恶见，会产生许多不如理作意的见解与私心，这些见解都要消除掉；诸见断了就不再现行，就是断了三缚结的初果人了；可是这个断除恶见的境界，得要透过整理和思惟才能达成。烦恼主要是从意根的执着所生的，因为它是修道所断的烦恼，包括我所烦恼、我执烦恼，这并不是证悟时就可以断除的。属于见惑所摄的恶见，则是见道后就可以全部断除的；恶见共有五种邪见，这五种邪见像骨牌一样，只要我见断了（我见又名身见，梵语名为萨迦耶见），下面的邪见、边见、见取见、戒禁取见，都会像骨牌一样一个推倒一个，就跟着次第不断的全部都倒灭了，这五利使是经由见道所断的。
可是烦恼不一样，烦恼就是思惑，思惑中有极大部分其实就是很深细的恶见，都是修道所断的烦恼。意识的我执烦恼部分，也就是分别我执的部分，透过见道后处在定中思惟修，以及历缘对境中的思惟修，都可以断除掉，很容易修除的。可是末那识相应的我执烦恼却不容易断，这是根深柢固的烦恼，就像俗话说“野草烧不尽，春风吹又生”一样，你必须从根去把它挖掉，这得要悟后一步一步确实去做；除了思惟修以外，还要再历缘对境去修除。思惟修为什么有用呢？这就牵涉到明心的见道有没有落实？是不是悟错了？悟错了就不会有功德产生。譬如明心的部分，有些人是抱定一个宗旨：“宁可这次禅三参不出来，我也不要别人跟我明讲证真如的密意。”那么这人是有智慧的。有的人则不是：“我这次去参加禅三共修，如果没有破参回来，真是没面子。”就老是想要别人对他先明说密意。
但是这两种人破参出来的功德，绝对不会一样的。第一种人亲自经历了参究的过程，所以他对于恶见的内容，已经具足了分辨的能力：他参究的过程中不断的碰壁，遇到很多种我见的变相境界，一一思惟整理清楚了，不会再落入我见的变相境界中，所以后来当他一旦找到心真如的时候，当下就可以承担下来而无丝毫的怀疑；当他一承担起来，般若实相智慧就开始出现了。后者则是请别人先为他透露密意，剩下只是自己去那边体验和接受印证；可是这种人的恶见其实都是还没有死尽的，禅三被印证回来以后，见地不会很迅速的通透，常常还会落入恶见中而不自知。即使后来通透了我见的内容，也是后来经过很多年的悟后进修，才能渐渐的完成，所以悟后许多年了，仍然处在初见道的智慧境界中，悟后进修所应有的智慧，在生起的速度上永远都比别人慢很多。