《阿含经》有四大部，即《长阿含、中阿含、增一阿含、杂阿含》，此四阿含已总述三乘佛法，而《长阿含》以四谛八正十二因缘法等二乘法为主，兼破六十二外道见；《中阿含》所述略同。此二大经亦兼说世界悉檀、为人悉檀、对治悉檀，其中隐含第一义悉檀，而隐覆难知，未具法眼者不能知之。《杂阿含》中多述第一义谛，虽然偏说二乘菩提，而于其中处处隐其密意，说有如来藏--涅盘本际--中道心；亦于十二因缘中说「缘于五阴」之识。《增一阿含》中则开显大乘菩萨道如来藏门。
四阿含诸经，为佛教根本，是佛初转法轮所说，摄属五时三教之声闻教。所说虽为方便接引畏惧生死之声闻种性法，然已处处隐覆密意而说大乘般若唯识。惟因般若及唯识之意涵极为隐密，故不易为人所知所触；学者复多急求了生脱死，欲求解脱果证，往往忽略，不知不证。及至成就俱解脱果已，自知不受后有，于解脱道之梵行既立、所作既办，未舍寿前便思惟：「阿罗汉入灭已，是有？是无？是有无？是非有无？」由是思惟故，知有涅盘本际不灭，离我离人离受想行，寂然无想﹙无觉知﹚，非三界有，亦非断灭无，由是说名中道。
然犹不能真证中道，谓仍未知未证未领受涅盘本际--第八识--故不能真起般若慧，不入真实中道。遂有后来佛说《般若经》六百卷及小品般若等，复精要而说《金刚般若波罗蜜多经》，精华则是《心经》也。此谓般若中道实相，乃是说人人皆具之真实自心，具有中道性，是一切法界之根源，亲证之者能渐了知法界实相，世出世间般若即得渐生，了知有余涅盘无余涅盘，亦能证知不共二乘之本来自性清净涅盘，后亦能知佛地无住处涅盘而求未来证之。般若虽是中期所说，然此般若已于初转法轮四阿含中隐覆说之，非未曾说。
诸大罗汉回心大乘证般若已，欲求佛地正遍知觉大菩提果，然犹无阶可达，佛乃三转法轮，宣说唯识五位十地行果，叙说菩萨法无我智，令启一切种智而住无生法忍地，地地增上乃至佛地四智圆明；此即《楞伽经、解深密经、如来藏经、胜鬘经、无上依经、显识经...》等方广经典之唯识学也，而三转法轮诸唯识经旨，已于四阿含中密意说之，部分则已显说，非未曾说；故初转法轮至三转法轮诸经，由浅至深，前后贯串，一气同声，无有丝毫抵触矛盾；二转三转法轮所欲说者，皆已预埋伏笔于四阿含中，以待后时缘熟而说，愈说愈了义，愈说愈究竟胜妙。然后以《大般涅盘经》宣示见性成佛之义，以《法华经》收圆总成，五时三教至此圆满，故名终教。﹙此后出现之密宗经续，除《楞严经》外，并非佛法，佛法至此已圆满具说故﹚；自凡夫位乃至佛地所应修证之解脱果及大菩提果，其知见、行门、修法、证境，已具述故，化度之缘已满，由是世尊遂取灭度、示现涅盘，转依四种圆寂及四智圆明境界，常依无住处涅盘利乐有情，尽未来际永不止息。由此明见四部阿含于佛法中之地位，极为重要；亦是南北传、显密教所共认真实者，俱无异议者。
然四阿含之密意极难知解，非未具大乘法眼者所能具知。密意且置，四阿含中显说之二乘菩提，乃至聪慧如印顺法师达赖喇嘛者亦不能知证，今时南传佛法之「圣僧」们亦不能知证，悉堕常见外道中：或误取意识觉醒性为涅盘心，或别建立想象之意识细心为涅盘心，自外于二乘菩提之果证，自外于二乘菩提之修证。
如印顺法师「主张不违反佛法的本质」，「以佛法研究佛法」，「在佛法的研究中，就是不固执自我的成见，不预存一成见去研究」，然而却实际违反佛法本质，悖逆四阿含佛旨，以预存之密宗应成派中观邪见而研究佛法，将佛法之根砍除--否定「识缘名色」之识、否定涅盘之本际。更说初期大乘之《般若经》意旨是一切法空，主张「离自心藏识外有般若空」，成无因论者。而反诽谤三转法轮唯识诸经所说如来藏法「富有外道神我色彩」，妄谓如来藏非真实有，不可证知，乃是一切法空之方便说；大胆否定第八识及第七识，妄谓佛于四阿含中唯说六识，未曾说七识八识；达赖喇嘛亦复如是同声否定，俱成诽谤见。此二人否定七八识已，恐人责彼为断灭见者，乃别建立意识细心为生死轮回之根本持种识，于成就诽谤见已，又成就建立见；佛说如是人者成就建立诽谤见，谤菩萨藏，一切善根悉断，成一阐提人，《楞伽经》中具说分明。如是等人，尚不能知四阿含中佛语显意，何况能知四阿含之密意？来世尚且不保人身，而言有诸佛法证量，无有是处！
四阿含中具摄三乘佛法，也具摄大乘之通教别教菩提，此理于今全球佛教界中，几已无人能知。如印顺法师《以佛法研究佛法》第五、六页中，主张唯识学是经由佛教史上之学说演化而来，可知印老完全不知不解四阿含中之唯识学显说隐说佛旨，故有如是谬说。此理将于未来著作《阿含正义》一书时，以「唯识学探源」为子题而证明之，由四阿含中直探唯识种智之本源，此处暂置不表。
印顺法师曾云：「现代的佛法研究者，每以历史的眼光去考证研究。如没有把握正确的无常论，往往会作出极愚拙的结论。」﹙《以佛法研究佛法》页七﹚然而印老责人之语正应责己，此谓印老自以错误之无常论，而考证研究佛法，故作出许多极愚蠢之结论。如彼否定四阿含中佛说十八界之意根界﹙第七识﹚，又否定四阿含中佛说之涅盘本际、识缘名色之识；又于佛说十八界无常之意识界中，别立意识细心为不坏之持种心，用来否定三转法轮之第七八识如来藏法，令三乘佛法堕于兔无角论、无因论、断灭论中，而以蕴处界灭已之灭相恒存，饰言不断灭，谓之为真如。然，则真如即是断灭空之异名，阿罗汉入无余际成断灭故；不然，则尔印老如是结论名为愚蠢；究竟然耶？不然耶？
余颇认同印顺法师此说：「愈古愈真者，忽略了真义的在后期中的更为发扬光大。愈后愈圆满者，又漠视了畸形发展与病态的演进。」﹙《以佛法研究佛法》页七、八﹚然印老不应因密宗之畸形发展与病态演进，而误断唯识诸经亦如密宗为畸形发展变态演进；唯识诸经已于四阿含中密说显说故，唯识诸经宣示四阿含及般若经所未宣说之成佛之道故，宣说成佛所必具足之一切种智十地道故。
密宗之后期大乘法，并非由小乘大乘、由阿含般若唯识而发展为无上密；事实上乃是经过阿含般若唯识三法之门前时，不入三门，于门外摘取一些佛法名相，绕道至三门背后，以外道法之本质，假藉佛法名相及佛教名义，遂行淫秽双身修法，而妄谓为修学三乘佛法后所应修证之无上密法、无上方便法，谓为超胜三乘之金刚乘法；实则三乘佛法，彼密宗四大派古今法王活佛等，未曾有一人得入见道位，俱在外道常断见之凡夫位中；以外道性力派学说，取佛法而代之，绝非是佛教。
印顺法师于「无上瑜伽、大乐光明」等双身修法中，洞悉密教之鬼神本质，然却迷惑于密教之应成中观邪见，深陷其中，为邪见所溺，严重误解四阿含之佛旨：「三世如幻，没有前后隔别的剎那生灭，前因后果的相续，是缘起的，不即不离的相续。因此，因灭果生，不是从甲的断灭而生起截然不同的乙，甲乙间有着不可离的关系。...所谓共通一贯的理论或制度，近于变易中的不易，但它决非有一真常自体的存在，而是流变中的相对安定性，是唯识学所说的似一似常。这样的研究，佛法才能成为一贯的，有条不紊的。」﹙《以佛法研究佛法》页八﹚。
印老云何严重误解阿含佛旨？谓四阿含中，佛处处说「识缘名色，名色缘识」，佛处处说「三世之内外粗细好丑远近之色阴、非我、非异我、不相在；三世之内外粗细好丑远近之
受想行识非我、非异我、不相在」，佛亦说「取阴俱识...于色中识住，攀缘色，喜贪润泽，生长增广；于受想行中识住，攀缘受想行，贪喜润泽，生长增广。」取阴俱识者，谓取五阴、执持五阴，而与五阴俱之识也。五阴者谓十八界法，十八界中意根界是心、六识界是心，俱摄于十八界中；学人当于五阴俱厌俱舍，而后能得解脱果：《...尔时世尊告诸比丘：「愚痴无闻凡夫，于四大身厌患离欲背舍，而非识。...如是多闻圣弟子于色生厌，于受想行识生厌。厌故不乐，不乐故解脱。解脱知见：我生已尽，梵行已立，所作已作。自知不受后有。」》﹙录自杂阿含二八九经﹚
如是厌舍五阴七识心已，舍寿不复现起来世五阴七识，说此名为无余涅盘。然此涅盘非断灭法，有本际第八识故，舍寿前之五阴七识由「取阴俱识」所取故，即是「名色缘识」之第八识也。
如杂阿含第二八八经，探究十二有支之名色--受想行识七心及色身--是自作？是他作？是自他作？或是「非自他作之无因作」？答案是由第八识而生：《...如是，生、有、取、爱、受、触、六入处、名色，为自作？为他作？为自他作？为非自他﹙之﹚无因作？」答言：「尊者舍利弗！名色非自作，非他作，非自他作，非非自他作无因作，然彼名色缘识生。」》此谓名色七识心，非自己能造作自己，亦非由他人造作自己，亦非由七识心自己配合他人来创造自己，但也不是外于自作他作之无因作--乃是由往世之七识心色身所造之业行﹙行支﹚，而由识生此世名色七识心，故云「名色缘识生」。
名谓受想行识，色谓五根色身，识阴谓眼等六识及意根末那识；名色既有七识，能缘名色者、能生名色者，当知别有一心，是即「名色缘识生」之第八「识」也。如是，四阿含已密意说有八识，惟不以数名之，非无七八二识，而印老及达赖否定之，故说印老等人严重误解阿含佛意。
如是，初转法轮四大部阿含诸经中，处处隐覆密意而说般若及种智，与二转三转法轮无有丝毫抵触。若四阿含中所说抵触般若中观及唯识种智者，则宣说阿含经时之释迦应非已成佛，仍不解般若中观故；若般若中观所说抵触唯识种智者，则宣说般若中观时之释迦仍未成佛，尚未证得唯识种智故。然今现见般若中观及唯识种智正理，悉已隐覆密意于四阿含中说已，三转法轮前后诸经无有丝毫抵触者；凡夫不解，自生错会，妄谓最究竟了义之唯识种智为虚妄说、为方便说，而否定为非佛说，谓唯识诸经为佛灭后之弟子所造者；如是说者，谤正法轮，造无间业。达赖喇嘛与印顺法师之否定三转法轮唯识诸经所说七识八识者，咎在未能如实证解四阿含佛意，致造如此无间重罪；愚痴学人复随学之、随谤之、拥护弘传其邪见，共同成就无间业。欲救彼等诸人故，宁可现前得罪，安忍默观彼后世苦？
如印顺法师云：「像后代发扬大成的唯识学，原始佛教里当然是没有的。但唯识的倾向，不能说没有，至少也有点近似。原始佛教的缘起论，确有重心的倾向。处理的问题，又本来与心识有关。后代的佛弟子，顺着这种倾向，讨论有关心识的问题，这才有意无意的走上唯识论。」﹙《唯识学探源》页三二﹚然实阿含诸经处处已说唯识正理，印老及达赖读之错解，故造如是谬论，令三转法轮诸经正理蒙尘，令三乘正法根本之如来藏义淹没，少人肯修肯证；佛法遂离四阿含正理，堕于意识思惟所知之五阴缘起性空、无常无我中，成断灭论，益趋浅化；人人如是闻熏信受，根机转浅，遂成末法。
今观四阿含诸经所说，隐显皆合般若中观及唯识种智妙旨，若有真善知识依正义而疏解之，则诸佛子即能真实明解四阿含诸经佛说正义，印证二转三转法轮之般若及种智，皆是佛陀真实旨意，令一切人天不能否定大乘唯识种智妙法，由此而可证知《阿含经》在佛法中之地位极为重要。此四大部经所集诸经，是一切佛门学人所共认为佛说，而无异议者；今以四阿含略证中观般若及种智唯识诸经，是佛所说；二三转法轮诸经所说般若中道智及唯识种智正理，复能建立四阿含诸经所未细说之大乘别教微妙正理，能令佛子依之修学，乃至成佛。阿含般若唯识，如鼎三足，互待互成，缺一不可，由是能知《阿含经》于佛法中之地位极为重要，不可偏废。
平实导师 <宗通与说通>