三论宗以《中论、十二门论、百论》建立宗门意旨，故名三论宗。此三大论，皆以般若空性实相心为主旨，故又名般若宗。此外，此宗三论之空性义，乃是宣示如来藏空性，然因此宗学者少有得证如来藏空性者，未亲证知而生误会，乃以一切法空为此宗之空义；他宗他派未悟之人亦复如是不解三论真义，误以一切法空为三论之主旨；于是宗内宗外一切凡俗，皆谓三论宗为大乘空宗。
佛灭度后约七百年许，龙树菩萨依大般若经，造《无畏论》，总有十万偈，宣示藏识空性法门。后由此论中拈出八不之颂，依中道涅盘智证修断......等门，分析辨正，成立百偈，建立二十七种观门，宣示八不中道正理，即是《中论》。后复择《中论》之精要，合成十二种略观法门，宣示藏识般若中道，即是《十二门论》。后有弟子提婆论师，绍继师业，造《百论》二卷，以十品论破斥外道，一一品各有十论，故名百论。
此宗之法本来正真，然三传至天竺智光论师时，判教即生错误。如《华严经探玄记》所载，智光论师以般若经为究竟义，立三时教：初时心境俱有《阿含经法》也，唯摄二乘根性；次时境空心有，《解深密经》法也，通摄大小二乘根机；末时心境俱空，《般若经》法也，唯摄菩萨根性。
然此判教非实。三乘佛法悉依有情自心藏识而说，阿含时偏显蕴处界空，主证解脱果，然非未说第八识空性心；隐覆密义而宣示故。般若时偏显涅盘非是断灭空，偏显藏识空性心之空性--无我性，偏显空性心之中道性--非一切法空之断灭空；所述唯在对治未悟二乘菩提之二乘凡夫，声闻初果亲观十八界空已，不堕「涅盘是一切法空」之邪见故，曾闻佛与大阿罗汉宣示涅盘有本际不灭故；般若时主说藏识中道空性之性，唯在般若总相智与别相智，尚未述及能令佛子成究竟佛之般若种智。为令佛子证般若空性心者能入初地乃至佛地，故说《解深密经》等种智法门，《楞伽经》亦此时摄也。后时中国嘉祥法师所判，方是正判，如余无异。至于三论之正义，容俟未来我会诸师另行批注；此处限于篇幅，不另疏解。
此宗学说式微已久，传至今日，益生淆讹，多堕大乘恶取空中，反责他人证悟藏识空性为自性见、为外道神我。略举一二如左：
印顺法师误会三论宗般若空性义为一切法空，认同智光论师以后已经偏差之后期空宗论典﹙主要为应成派中观见﹚，更抱怨玄奘三藏法师不予翻译：「后期佛教的空宗论典，是我们所欠缺的，但不是没有翻译的机会，这不得不要怪玄奘师资了！」﹙《华雨集--四》之《法海探珍》八七页﹚又云：「后起的空宗，是藏文佛学的骄傲！不但论典多，派别多，且受了时代的影响，所以还是非常精严的。」﹙同书八八、八九页﹚
然而印顺法师迷于密宗之空宗，为应成派中观所惑。唐玄奘大师之修为，至少是三地之入地心，何有不知应成中观之堕处者？直以应成中观之见邪谬，否定七识及八识，已为玄奘大师于《成唯识论》中广破；既造论广破之，焉有可能认同？而复翻译广弘之？无斯理也！印老不解，翻责玄奘之未译，翻以应成中观凡夫邪见为空宗真义，名为颠倒邪见。
印老主张一切法缘起性空，否定涅盘本际第八识而说缘起性空，非依涅盘本际说一切法空，本质是断灭论者，并主张「大乘经多明一切法空」﹙《华雨集--四》六九页﹚，「初期大乘是一切皆空说」﹙华雨集--四》七页﹚。又误会《解深密经》说第二时教为一切法空﹙《华雨集--四》八二页﹚。
印老主张般若经所说为「甚深之一切法空」：「说到大乘空义，很自然的想到了《般若经》与龙树论。《般若经》与龙树论，公认为着重于空义的阐扬，以一切法空为究竟的。」﹙《空之探究》页一三七﹚又云：「...如《般若经》所说的一切法空，就充分表示了这一特色。那末，《般若经》所说的一切法空，到底表示了什么内容呢孤...」﹙页一四三﹚
然而《般若经》及龙树之论，皆非阐释一切法空，乃是宣示自心藏识之空性有性及中道性，宣示藏识能生蕴处界而蕴处界空，宣示藏识之清净性--不于证果与不证果起分别想......等；非如印顺法师之误解般若为一切法空。
若般若为一切法空，则般若成断见；若执一切法空为般若，后执此般若为实有，则如人见牛有角，起兔无角想，后执兔无角法为不可破坏之真理，则堕戏论，无关第一义般若故，般若第一义所说乃是有情生命之本源故。未悟凡夫不知不证般若，妄谓般若所说为一切法空，堕于断见及兔无角戏论中，不入佛法，不名宗通。
般若非说一切法空，于《增一阿含经》中已说端倪。如文殊菩萨为令大众知佛法非是断灭空，故意于佛前颠倒说，谓一切法空；由央掘魔罗演示第一义谛：
譬如有愚夫，见雹生妄想，谓是琉璃珠，取已执持归，
置之瓶器中，守护如真宝；不久悉融消，空想默然住，
于余真琉璃，亦复作空想。
文殊亦如是，修习极空寂，常作空思惟，破坏一切法；
解脱实不空，而作极空想，犹如见雹消，滥坏余真实；
汝今亦如是，滥起极空想，见于空法已，不空亦谓空。
有异法是空，有异法不空：
一切诸烦恼，譬如彼雨雹，一切不善坏，犹如雹融消；
如真琉璃宝、谓如来常住，如真琉璃宝、谓是佛解脱。
虚空色是佛，非色是二乘；解脱色是佛，非色是二乘；
云何极空相，而言真解脱？文殊宜谛思，莫不分别想。
譬如空聚落，川竭瓶无水，非无彼诸器，中虚故名空；
如来真解脱，不空亦如是，出离一切过，故说解脱空。
如来实不空，离一切烦恼、及诸天人阴，是故说名空。
语译如下：譬如有愚痴凡夫，见天降冰雹而生虚妄想，说冰雹是琉璃珠，便执取冰雹回家，放置于瓶子陶器中，谨慎看守如护真宝；不久之后全部融解消失，这愚夫不知是何道理令琉璃珠消失，于彼空作妄想默然而住，由此缘故于其余真正琉璃珠，亦以为会融消变空。
你文殊也像这愚人，修习极空寂之法，常于一切法作空无之思惟，因此破坏一切法之法性；解脱其实不是断灭空，而你却作极空之想，好像愚人见冰雹融消了，思想混滥便以为其余真琉璃珠也不真实；你如今也像那愚人，浮滥的生起一切法空之极空究竟空妄想，见到了蕴处界空法以后，那不空的本际你也说是空。
有另一个法是空，有另一个法不空：所谓空的法是说，一切诸烦恼，好像那如雨般降下的冰雹，一切不善烦恼悉皆毁坏，好比冰雹融消一样；所谓不空是犹如真的琉璃宝--是说如来常住不灭，犹如真琉璃宝--是说佛的解脱。
有色法如虚空一般示现化身，是佛境界；灭除一切色法，是二乘境界；解脱之色是佛境界﹙藉无漏有为法利益有情永无穷尽﹚，灭一切色法是二乘境界﹙入无余涅盘永取寂灭﹚；云何一切断灭之极空相﹙一切法空﹚而可说是真正的解脱？文殊你应当详细正确的思惟，不可不于此理作分别想。
譬如已经人去楼空的村庄、枯竭的河川、瓶中无水，并非没有了村庄河川瓶子，由于其中已经虚无了，所以说是空；如来的真实解脱不是断灭空的道理也像这样，是由于出离一切过失，所以说之为解脱空。
如来真实不是断灭空，远离一切烦恼及诸天诸人五阴四阴，由此缘故说名为空。
以上《增一阿含经》之偈，谓二乘人灭诸烦恼已，令本际住无余涅盘，蕴处界俱灭，十八界灭尽无余，故说：「非色是二乘」；然诸佛灭尽烦恼已，复灭尽所知障随眠，识种永无变易，却不令本际住无余涅盘，而入无住处涅盘--不住生死亦不入涅盘--尽未来际以无漏有为法利乐有情，常有化现色相住于三界利益有情，名为虚空色、解脱色。犹如村落人去楼空，河川枯竭，瓶中无水，不可谓为一切皆空；仍有村落枯河干瓶，而以人空水空说名为空。涅盘亦如是，真心本际中之烦恼种断尽，故灭蕴处界，不生后有，说名为空，非谓真心本际亦断灭不存。亦不可因见二乘灭尽十八界，成十八界空，而谓佛亦断灭十八界成为空相，谓为一切法空；如来永不入灭故，常依无住处涅盘利乐有情无尽时故，常有虚空色解脱色随缘应赴故。《大般若经》六百卷、中品小品般若及《金刚经、心经》所说，莫非此理；龙树之《中论、十二门论》亦复如是，依如来藏空性心而说其中道性，如是方名般若，是法界实相故；非以一切法空为般若，一切法空非是法界实相故，是断灭见故。若执一切法空是般若、是究竟理，而否定真心本际者，则堕无因论及兔无角戏论中，不可取法也。
如是，印顺法师错会般若为一切法空，否定本际第八识，堕无因论中，即成断见论，虽然坚称自己所说是般若中道，其实是建立见及诽谤见﹙详拙著《楞伽经详解》第二、三、四辑分述﹚，佛于《大乘入楞伽经》卷七中，曾如是斥责印老此一类邪见：
有物无因生，妄谓离断常，亦谓离有无，妄计为中道。
妄计无因论，无因是断见；不了外物故，坏灭于中道。
恐堕于断见，不舍所执法；以建立诽谤，妄说为中道。
不意印顺法师如是聪明，仍堕佛所预破之无因论中，否定藏识因，成诽谤见；又恐人责彼为断见，复建立意识细心不坏，为生死轮回之三世前后连结者，又成建立见；以如是诽谤见及建立见，妄说缘起性空之法实有不坏、是究竟义；不知缘起性空之法依蕴处界有，蕴处界法暂有非实，析之亦空，故缘起性空之法随之亦空，非有实法不坏，依「蕴处界有」而有。犹如兔无角法依牛有角法而有，牛角析之至再，终归于无，则兔无角法亦随之无，焉可谓「牛角非实，兔无角实有」？此理不通。故外于如来藏而有之「缘起性空、一切法空」皆非实法，无常及假有之法焉可名为中道般若？无关法界实相故，无关第一义真理故，观待于蕴处界不实法而有故。
如是，三论宗内，自古至今皆有未悟凡夫，以情解思惟臆度揣测，妄谓甚深般若为一切法空、为一切法缘起性空，不知一切法之法性乃依藏识而有，不知般若诸经所说乃是藏识之双具有性与空性，不知涅盘本际之中道义；如是教相教派之三论宗，焉能于佛法中有其地位？应速回归般若诸经所述真心本际之中道义，方名真正般若。然欲证解如是般若，须先实证真心本际；由真心本际极难亲证故，般若极难证解，故说般若甚深，非凡愚所知。
复次，三论宗徒修习唯识学者极多，密宗应成派中观师少有不修习唯识学者；然此宗人既先预设立场否定藏识，即不能证解真实唯识门，唯能稍解虚妄唯识门，则不能实证中观真义，亦于唯识种智生诸误解，不名宗通。如此宗人常引唯识种智所说三无性语，误会三无性义故，诽谤种智所说三自性为不了义法、为实无三自性，妄谓三自性乃是名言施设。当知三无性者，乃为诸已证三自性者，欲令其实证有余涅盘，故云三无性，乃依藏识自住境界而说，非无三自性也。
若无三自性，则无依他起性；无依他起性，则无蕴处界，其谁修证三无性？若无遍计执性，尚无无明业爱种子，则亦必无此世身心，其谁修证三无性？若无圆成实性，则无依他起性与遍计执性，尚无此世蕴处界，谁于依他起性上修除遍计执性而成就解脱果？若无真心本际之圆成实性，尚不能有三界有情身心，其谁修学般若中观唯识种智成就佛菩提果？是故《成唯识论》卷九云：「三颂总显诸契经中，说无性言非极了义，诸有智者不应依之总拨诸法都无自性。」唯有为诸已经如实亲证三自性者，方为咐嘱「三性三无性」；未实证三自性者，当自戮力实证三自性，证已方能真知三无性义。欲证三自性者，不得否定自心藏识，自心藏识即是三自性中之圆成实性故。
中观学者当知：中观般若层别有三，一者总相智，大乘别教真见道七住菩萨之明心智慧也；二者别相智，悟后依善知识，或自有能力依《般若经》熏习别相智，此乃三贤位至初地入地心之通达位般若中观也；三者地后菩萨所修般若种智，至究竟佛位圆满种智，方成究竟般若中观。般若中观之总相智、别相智、种智，悉依藏识别别阶位之修证智慧而建立，不可离于藏识、否定藏识，而有般若中观之可证也。
未证藏识者不明般若正义，不明般若者不能证解三自性，则不能证解三无性正义；如是类人若学唯识，则不能证解真实唯识门之种智般若，必堕空无，必堕虚妄唯识门之法相中，起诸戏论；亦必堕入无因论中，执兔无角法﹙一切法空﹚为真实不坏法，以此邪见为般若。
中观学者若学唯识之理，必须谨记今人日慧法师之语：「唯识宗义，西藏之作，纯粹为虚相派之古学。...然玄奘所传护法戒贤的实相今学，汉译大藏经中，蕴藏资料相当丰富，要当别加研究，出其体要，析其精义以显扬之，才有意义、有价值。」﹙《四部宗义略论讲释》序文﹚
日慧法师又云：「今有人自称我证某果，我登某地；据我观察，大妄语自欺欺人则有之，证果登地则无其事。何以故？所言所行非佛法故。凡夫不能说佛正法、行圣正行，本是平常事，无可厚非；若是说开了悟、证了果、登了地，仍不能说正法、行正行，除了自欺欺人而外，是没有道理可说的。正信佛教徒宜慎听谎言，应察其人之言、观其人之行，勿为异端邪说怪力乱神所误是幸！」