接着说第二种缘起，赖耶缘起，是说众生所造一切善恶业，以及所熏习的一切善染法，一切世间出世间法，不论是什么法，都落在阿赖耶识之中所集藏，众生所造的一切善恶业种，以及八识心王的一一种子，及众生因不明实相、不知解脱，而熏习种种外道邪见和我见、我执所成的无明，都集藏在阿赖耶识中，就有了三界的生死轮回。然后在三界生死轮回之中，往世所造业种以及所熏无漏法种就会一一遇缘现行，这些无明业种及无漏法种、净业法种都由各人的阿赖耶识集藏，随着各人的转生而带到未来世去，一世一世递传不灭，除非遇缘现行受报，否则业种将会永远存在各人的阿赖耶识中，等着缘熟时现行受报。因为有情死后，十八界只剩意根不灭，而意根末那识并不是能执持业种的心，必须由阿赖耶识执持一切种，往生来世而受报现行。这种阿赖耶识集藏一切法种不灭、遇缘现起的现象就是赖耶缘起；如果没有阿赖耶识持种，众生就没有持种心，则业感缘起必不能实现，那么一切人应该都只有一生，而没有过去生，也没有未来生，死了之后就成为断灭。也就是说，赖耶缘起就是一切法的缘起，离开阿赖耶识就不可能有一切法的缘起缘灭，所以一切世间法的缘起缘灭，包括一切有情蕴处界的缘起缘灭，都是以阿赖耶识为因，乃至佛法解脱道中所说蕴处界缘起性空的正理，以及佛菩提道的实相般若与一切种智，都依阿赖耶识而起，这就是赖耶缘起。因为阿赖耶识集藏了八识心王一切种子，也就是一切的功能差别，并且无始劫来恒不断灭地集藏有情所造一切业种，以及所熏一切无明的缘故。想想看，众生善恶业行造作完成，而成就业种以后，如果不是由各人真实不坏的第八阿赖耶识执持集藏，那业种如何能够存在而不灭失？如果不是由各人的阿赖耶识自己集藏，而是由外于各人阿赖耶识的法，例如施设物质色法边际外无法的虚空来执持一切有情众生的业种，那就变成一生劳苦修福、修净业的人，福德和功德可能去到来世在他人身上现行受福报而唐捐其功，对自己则毫无利益。反之，可能别人前世所造恶业，会在自己此世的身中来受恶报，那就因果错乱、无因无果。然而这种情形终究不会发生，因为每个人的业种及无明，都由自己的第八识所执藏，别人熏习的一切杂染业种都与我们自己无关；我们只要断自己的烦恼障和所知障，就可以成就解脱果，就可以成就究竟佛果。正如同说自己吃饭自己饱，别人不肯吃饭他就挨饿，跟我们无关。简单地说，赖耶缘起就是一切业种和无明都依附于各人阿赖耶识而集藏，遇缘而现起，因此令众生一生造恶行善，及修净行都功不唐捐，后必有果。
第三种缘起是真如缘起。我们前面所说佛地真如的无垢识，乃由因地的阿赖耶识转变所含藏种子而成，就是佛地真如心体。要由因地时就已经存在的无始本有、永不断坏的阿赖耶识心体，经由修行佛道断除烦恼障及所知障为缘，修除阿赖耶识心体中烦恼障习气种子随眠与所知障过恒河沙数随眠以后，才能在三大阿僧祇劫之后转舍阿赖耶与异熟识名，改名为佛地真如；虽然改名为佛地真如无垢识，但仍是因地同一个第八识心体，因为改变心体内含的种子而改易其名，其实仍是因地的阿赖耶识心体，只是前后所含藏的种子有差异而已。可以说真如是第八阿赖耶识的果，第八阿赖耶识是真如的因，这就是真如缘起的正理。经由如是真如缘起的转易，众生就能成就三乘解脱果及大乘别教佛菩提果，而其转易的过程，可分为二个阶段：第一阶段是转阿赖耶识成异熟识成就解脱道。而解脱道并非只有二乘人修习大乘通教，别教初地至六地满心菩萨也是这样修、这样子断，这样子来证是修学佛菩提必经的过程。第二阶段是进一步转易异熟识成无垢识真如，法无我智圆满究竟，成就四智圆明，具足四种涅槃，究竟成佛。因此由解脱道与佛菩提道的修证过程，转易第八识含藏的内容，分段圆成佛地真如，这个过程就称为真如缘起。而由凡夫地的因地真如阿赖耶识转成究竟果地的真如，必须依于初期的业感缘起，及赖耶缘起而修大乘别教法门，净除第八阿赖耶识集藏分段生死烦恼障种子的现行，成为证得解脱果的菩萨；后期修证佛菩提一切种智，也必须依赖阿赖耶识的赖耶缘起功能，才能于取证解脱果后，再起受生愿而不入无余涅槃，再受后有而次第渐修佛果，终至圆成大菩提果。
总结来说，众生造作善恶业行种下了业种，未来就有驱使众生感生三界六道受善恶业果报的势力，这就是业感缘起。而众生造作的善恶业种，以及不知不证实相所致无明，还有累世熏习的世出世间法，佛法解脱道、佛菩提道的无漏法种，都是由各自的第八阿赖耶识如来藏所集藏，待缘等流或现行受报，这就是赖耶缘起。但是透过佛教正法的修习，就能渐次净除第八识中所含藏烦恼障种子和所知障随眠，使祂所含藏的所有种子都转变清净，并且除去了一切的无明；连同祂本来自性清净涅槃的心体，那就成为了佛地真如无垢识，这就是真如缘起。从以上的说明就可以了解，合业感缘起、赖耶缘起还有真如缘起这三种缘起，成就了心真如的因缘相，加上我们在前一集解说的生灭相，就含摄了佛法解脱与佛菩提二主要道，圆成了三乘佛法的全部内涵。因此马鸣菩萨才会在《大乘起信论》当中开示说：【此心生灭因缘相，能显示大乘体、相、用故。】（《大乘起信论》卷1）